Лучшим решением в плане безопасности является регулярное резервирование. Если ваша система подверглась вторжению, вы всегда сможете восстановиться с резервных копий. Конечно, некоторые данные могут быть ценны и для взломщика, и он могут не столько удалять их, но и воровать, делая себе копии, но в конце концов вы по крайнем мере сохраните эти данные.
Прежде чем восстановить поврежденный файл вы должны проверить несколько прошлых резервных копий, а не только последнюю. Может быть, что взломщик орудовал некоторое время назад, и вы успешно сделали несколько резервных копий уже поврежденных файлов!!!
Конечно, существует также понятие безопасности резервных копий. Убедитесь, что вы храните их в надежном месте. Знаете, кто имеет туда доступ. (Если взломщик получит ваши резервные копии, он будет иметь все ваши данные, а вы даже знать об этом не будете.)